Les étudiants de Shibusen(école ayant pour but de vaincre les sorcières) ont tous pour mission de créer des Death Scythe à partir des armes démoniaques (des humains capable de se transformer en armes) qui serviront d’arme au directeur, le puissant Shinigami(le dieu de la mort et le directeur de l’école). L’intelligente Maka, le survolté Black Star et l’obsédé de symétrie Kid the Death (le fils de Shinigami) auront à recueillir 99 âmes corrompues et 1 âme de sorcière pour leurs armes(et partenaires) qui sont: le cynique Soul, la timide Tsubakie et les sœurs Thompson, Liz et Patty . Mais bien des ennemis se mettront en travers de leurs chemins (et surtout des combats difficiles).