Kobato Hanato est une jeune fille naïve à qui l'on a confié une mission: remplir une petite bouteille avec la matérialisation de la peine des cœurs qu'elle soigne. Cette bouteille, une fois pleine, lui permettra de réaliser un vœu. Elle est aidée dans sa quête par Ioryogi - un chien bleu en peluche doué de la parole, grossier au mauvais caractère; il est l'exact opposé de Kobato.